Promover y fortalecer el control interno de la Universidad Autónoma de Nayarit a través de la práctica de auditorías al ejercicio de los recursos públicos para vigilar el cumplimiento de las funciones sustantivas y adjetivas, así como también el logro de los objetivos institucionales, a su vez, detectar, investigar y en su caso, sancionar actos u omisiones que puedan constituir faltas administrativas o hechos de corrupción con base en la normativa aplicable, procurando una cultura de transparencia y rendición de cuentas.
Ser reconocidos como órgano interno de control con un equipo sólido, profesional y en mejora continua en la labor de fiscalización y supervisión, cuyos productos contribuyan a mejorar la administración de los recursos institucionales y a generar confianza con la comunidad universitaria y en la sociedad en general a través de la promoción de procedimientos de responsabilidad administrativa.
Las reformas a la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos en materia anticorrupción se publicaron en el Diario Oficial de la Federación (DOF) el 27 de mayo de 2015, siendo el parteaguas y sustento para la promulgación y reforma de ordenamientos jurídicos secundarios en la materia.
El 19 de octubre de 2016 entra en vigor la reforma a la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Nayarit en su artículo 123, fracción III otorgando a los órganos internos de control facultades para prevenir, corregir e investigar actos u omisiones que pudieran constituir responsabilidad administrativa; para sancionar aquellas que sean de su competencia; revisar el ingreso, egreso, manejo, custodia y aplicación de recursos públicos y en su caso, presentar denuncias por los hechos u omisiones que pudiesen constituir delitos ante la Fiscalía Especializada en Combate a la Corrupción.
La ley de General de Responsabilidades Administrativas entró en vigor el 19 de julio de 2017 en la cual se señala a los órganos internos de control como las unidades administrativas a cargo de promover, evaluar y fortalecer el buen funcionamiento del control interno y le otorga competencia para aplicar las leyes en materia de responsabilidades de servidores públicos.
El 12 de febrero y 30 de marzo de 2017 entran en vigor las reformas a la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Nayarit facultando para llevar a cabo las atribuciones antes señaladas al Órgano Interno de Control de la UAN.
El 1 junio de 2017 entraron en vigor las modificaciones al Estatuto de Gobierno de la Universidad Autónoma de Nayarit en las que se establece que el Órgano Interno de Control, es un órgano administrativo de la Universidad que mantendrá una relación de coordinación técnica para el cumplimiento de sus funciones con el Sistema Local Anticorrupción; dependerá del Consejo General Universitario y contará con independencia y autonomía en el desempeño de sus funciones.
Disciplina, legalidad, objetividad, profesionalismo, honradez, lealtad, imparcialidad, integridad, rendición de cuentas, eficacia y eficiencia.